Κεντρική δραστηριότητα του Εργαστηρίου Βακτηριολογίας του Ε.Ι.Π. αποτελεί η βασική και εφαρμοσμένη έρευνα στο πεδίο της αντοχής των βακτηρίων στα αντιβιοτικά.
Η χρήση των αντιβιοτικών στη χημειοθεραπεία των βακτηριακών λοιμώξεων κατά το δεύτερο ήμισυ του 20ού αιώνα προσέφερε ανεκτίμητη ευεργεσία στον άνθρωπο, μειώνοντας τη θνησιμότητα από πολλές, προηγουμένως ανίατες λοιμώξεις. Παράλληλα όμως διαπιστώθηκε πως η εισαγωγή σχεδόν κάθε νέου αντιβιοτικού στην κλινική πράξη οδηγεί γρήγορα στην εμφάνιση και την επικράτηση ανθεκτικών σε αυτό βακτηριακών στελεχών που δεν ανταποκρίνονται στη θεραπεία. Η βακτηριακή αντοχή στα αντιβιοτικά και, ιδιαίτερα, η ευρεία εξάπλωσή της στους νοσοκομειακούς μικροβιακούς πληθυσμούς αποτελεί παγκοσμίως σημαντικό πρόβλημα Δημόσιας Υγείας, με σοβαρές επιπτώσεις στη νοσηρότητα και θνητότητα του πληθυσμού. Οι επιδιωκόμενες λύσεις κατευθύνονται αφενός στην ανάπτυξη νέων πιο δραστικών αντιμικροβιακών ουσιών και αφετέρου στη διαφύλαξη των αντιβιοτικών που ήδη υπάρχουν, με την εφαρμογή μέτρων που να προλαβαίνουν ή να αναχαιτίζουν την ανάδυση και την εξάπλωση της αντοχής. Και στις δύο αυτές κατευθύνσεις, κοινή και απαραίτητη προϋπόθεση είναι η κατανόηση των μηχανισμών που υποστηρίζουν την ανάπτυξη και την εξάπλωση της βακτηριακής αντοχής σε κυτταρικό επίπεδο, όσο και των περιβαλλοντικών και επιδημιολογικών παραγόντων που ευνοούν την επικράτηση ανθεκτικών βακτηριακών κλώνων στους μικροβιακούς πληθυσμούς.
Αντικείμενο των προσπαθειών του εργαστηρίου σε επίπεδο βασικής έρευνας είναι η ανάλυση των βιοχημικών και μοριακών μηχανισμών βακτηριακής αντοχής και, σε επίπεδο εφαρμοσμένης έρευνας, η παρακολούθηση των επιδημιολογικών τάσεων της βακτηριακής αντοχής στην Ελλάδα και η εντόπιση των μηχανισμών αντοχής που επικρατούν στα νοσοκομειακά παθογόνα ή και σε αυτά που ευθύνονται για λοιμώξεις στην κοινότητα και τείνουν να εξελιχθούν σε κρίσιμα προβλήματα Δημόσιας Υγείας για τη χώρα.